Il s’agit d’un organe consultatif d’experts créé par l’Organisation de la Coopération Islamique (« l’Organisation ») en tant qu’organe principal travaillant de manière indépendante dans le domaine des droits de l’homme. Le Programme d’action décennal de l’OCI, adopté par le Troisième Sommet islamique extraordinaire tenu à La Mecque, Royaume d’Arabie Saoudite, les 7 et 8 décembre 2005, a tracé les grandes lignes de la création d’un mécanisme des droits de l’homme efficace et indépendant. En conséquence, la nouvelle Charte de l’Organisation, adoptée lors du Onzième Sommet islamique à Dakar, Sénégal, les 13 et 14 mars 2008, a prévu l’établissement de la Commission.
La Commission a été officiellement lancée avec l’adoption de son Statut lors de la 38ᵉ session du Conseil des ministres des Affaires étrangères, tenue à Astana, Kazakhstan, du 28 au 30 juin 2011.