الرسالة والأهداف
تركّز الهيئة على تعزيز الصورة الحقيقية للإسلام، إضافةً إلى النهوض بحقوق الإنسان والحريات الأساسية في الدول الأعضاء، فضلاً عن الحقوق الأساسية للأقليات والمجتمعات المسلمة في الدول غير الأعضاء وفقًا لقواعد ومعايير حقوق الإنسان المعترف بها عالميًا.
الموضوعية والاستقلال
تلتزم الهيئة بالقواعد والمعايير الدولية لضمان أداء مهني وموضوعي ومستقل. ويؤدي المفوضون عند انتخابهم يمينًا قانونية تؤكد التزامهم بالأمانة والنزاهة والحياد. كما يُحظر عليهم تلقي أي توجيهات من دول، بما في ذلك دولتهم، أو من أي طرف خارجي.
آلية إقليمية بأبعاد عالمية
تتميّز الهيئة بكونها آلية عابرة للأقاليم، تجمع دولًا من أربع قارات وتدمج الطابع العالمي لحقوق الإنسان في عملها. إذ تمتد أنشطتها لتشمل قضايا دولية تمس الدول الأعضاء وغير الأعضاء. كما تركز على التعاون، من خلال تعزيز التكامل وتقديم قيمة مضافة في حماية الحقوق.